Ujung Kulon là nơi ẩn náu cuối cùng được biết đến của loài tê giác Java cực kỳ quý hiếm sau khi những kẻ săn trộm giết chết con tê giác cuối cùng còn sót lại trong vườn quốc gia Cát Tiên của Việt Nam, nơi từng còn lại một quần thể nhỏ dưới 10 con vào năm 2010. Ở Ujung Kulon, số lượng loài này ước tính khoảng 40-60 con vào những năm 1980.[3] Trong khoảng thời gian từ 2001-2010 đã có 14 con tê giác được sinh ra sau khi những bức ảnh và video theo dõi được ghi lại.[4] Dựa trên các bản ghi âm được thực hiện từ tháng 2 đến tháng 10 năm 2011, 35 con tê giác đã được xác định, trong đó 22 con đực và 13 con cái. Trong số này có 7 con đã già, 18 con đang ở độ trưởng thành, 5 con non và 5 con sơ sinh.[5] Đến năm 2013, các khu vực kiếm ăn cỏ bớp bớp đã giảm từ 10 địa điểm có diện tích 158 hecta xuống còn 5 địa điểm có diện tích 20 hecta khiến việc cạnh tranh nguồn thức ăn giữa những cá thể tê giác đơn độc với bò banteng tăng lên.[6]

Vườn quốc gia này bảo vệ 57 loài thực vật quý hiếm, 35 loài động vật có vú bao gồm bò banteng, vượn bạc, voọc Đông Java, khỉ ăn cua, báo Java, hổ Sumatra, cheo cheo Java, nai nhỏ Indonesia, rái cá lông mượt. Ngoài ra còn có 72 loài bò sát và lưỡng cư, 240 loài chim. Loài hổ Java được cho là đã từng tồn tại ở đây cùng với vườn quốc gia Baluran cho đến giữa những năm 1960.